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El Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas tiene su origen en el Centro de Cálculo Electrónico (CCE), fundado en junio de 1958 en la Facultad de Ciencias, donde se instaló ese mismo año la primera computadora, una IBM-650, en la Universidad Nacional Autónoma de México y en el país, con el fin de utilizarla para el avance de la ciencia en México. Los iniciadores de este proyecto, realizado por indicaciones del Rector Dr. Nabor Carrillo Flores, fueron los doctores Alberto Barajas Celis, Coordinador de la Investigación Científica, y Carlos Graef Fernández, Director de la Facultad de Ciencias. Su primer director fue el Ing. Sergio Beltrán López (1958-1967). A partir de entonces, científicos y profesionales de diversas Facultades e Institutos profundizan en sus investigaciones apoyándose en esta nueva herramienta de estudio. Asimismo, se llevaron a cabo grandes esfuerzos por formar recursos humanos en esta nueva disciplina.